Krajem decembra 2019. protiv Mektića je kao ministra sigurnosti Tužilaštvo BiH podiglo optužnicu a zajedno s njim se terete Igor Golijanin u svojstvu šefa njegovog kabineta, Samir Agić kao pomoćnik ministra i Edin Garaplija kao odgovorna osoba i vlasnik Instituta za zaštitu od požara i eksplozija INZA Sarajevo za zloupotrebu položaja prilikom realizacije međudržavnog Projekta prekogranične saradnje u oblasti vatrogastva, koji je finansirala Delegacija Europske unije u BiH. Time je, prema tvrdnjama Tužilaštva BiH pričinjena ukupna šteta od 244.764 KM.
Početkom marta 2020. Mektić i trojica ostalih optuženih su negirali krivicu za djela koja su im stavljena na teret.
Nakon Mektićevog poziva u maju 2019. godine nekoliko stotina građana okupilo se na protestima ispred zgrade Sud i Tužilaštva BiH.